La direction générale des douanes et droits indirects est composée :

• d'une direction générale ;
• de services déconcentrés en France métropolitaine et Outre-mer ;
• de services spécialisés :
  • Le service d'enquête judiciaire des finances (SEJF) effectue des enquêtes avec des moyens de police judiciaire 
  • Le service commun des laboratoires DGDDI / DGCCRF (SCL) 
  • Le service d’analyse de risque et de ciblage (SARC) 
  • La direction nationale du recrutement et de la formation professionnelle (DNRFP) 
  • La direction nationale des statistiques et du commerce extérieur (DNSCE) 
  • Le centre informatique douanier (CID) 
  • Le musée national des douanes à Bordeaux (MND)
  • Le Service des Autorisations de Mouvements Internationaux d’Armes (SAMIA) chargé de la délivrance des autorisations en matière d’armes, de munitions, de leurs éléments et d’explosifs